Les programmes scientifiques de l’IESH sont élaborés par un Conseil scientifique composé de plusieurs éminents professeurs et chercheurs des universités islamiques les plus réputées dans le monde arabe. Un Comité Scientifique composé des professeurs de l’IESH suivent l’application de ces programmes et leur amélioration dans les différents établissements.
Les enseignants de l’IESH de Paris sont tous diplômés des plus prestigieuses universités (La Sorbonne, Ez-zeïtouna en Tunisie, Emir Abdel-Qader en Algérie, Médine en Arabie Saoudite, …), avec un Bac+5 ou un Doctorat dans leurs disciplines respectives.
Depuis sa création, l’IESH de Paris a signé des accords de collaboration avec de nombreuses universités de théologie musulmane à travers le monde arabo-musulman : Université d’Alger (Algérie) et Université Mohamed-V de Rabat (Maroc). Ces accords permettent la reconnaissance des titres et certificats délivrés par l’IESH de Paris en fin de cursus (diplômes conjoints avec l’université).